山達基教會的管理組織中，有洲區聯絡辦公室的聯絡網，負責協調當地山達基的各項活動。這些辦公室支持當地所屬教會、中心和團體，也負責協調及聯繫與這些教會相關的所有山達基活動。他們確認在其負責區域的機構及團體，狀況良好。以這種方式，教會、中心、外圍聽析員和其他相關團體的活動得以整合，最終結果是提升當地所有山達基人的精神層次。
教務管理聯絡辦公室分別是：位於多倫多的辦公室管理加拿大；位於哥本哈根的辦公室管理歐洲；位於紐約的辦公室管理美國東部地區；位於洛杉磯的辦公室管理美國西部地區；位於雪梨的辦公室管理澳洲、紐西蘭和日本；位於墨西哥的辦公室管理拉丁美洲以及位於英國薩西克斯聖崗莊園的辦公室，管理英國。
旗艦（旗艦服務機構）是位於佛羅里達州清水鎮的宗教靜修之地。它是全球山達基人的精神總部和聖地。旗艦是全球最大的山達基教會。旗艦是全球山達基社區的核心，是一個富有生命力、多語言的機構。旗艦不僅提供最高階層的訓練，也包括所有高階層聽析一直到新OT七。
之所以稱為「旗艦」，是因為1960年末期到1970年中期，最高的教會機構均位於海上的船艦。其中330呎的阿波羅號是賀伯特先生的家。當時它是最高階的山達基教會。它是船隊的「旗艦船」，簡稱「旗艦」。
當時，特別的高階聽析及訓練服務只在旗艦船上提供。然而，越來越多山達基人想要參與這些服務，空間不夠，所以必須移往陸地。因此在1975年，旗艦服務機構設立於佛羅里達州清水鎮，12層樓的哈里森堡。從那時起，旗艦便持續擴大。今日，旗艦也在沙堡提供高階聽析的服務，而寇奇曼大廈則是訓練中心，訓練數千名山達基人及許多其他支援的技術人員。
因為旗艦這個國際性的宗教機構不斷成長，所以過去幾年持續設立新建築物，提供教友更多的服務。2008年1月1日，全部整修完畢，共17萬2千平方英呎的橡樹灣開幕了，提供來訪的山達基人住宿設施，以及提供宗教服務的場所。
2009年3月14日，哈里森堡開幕了，這項整建工程耗時11個月，1百萬小時人工，整修面積達26萬7千平方英尺。這裡提供住宿和餐廳服務給來旗艦接受服務的山達基人，這棟歷史建築物也開放給民眾參觀和舉辦活動。
哈里森堡重新開幕服務之後，最後一階段的整建工程則是37萬7千平方英尺的旗艦麥加大樓。完工之後，這裡將會有22間教室，可容納1,800位教友，另外還有300間教會諮詢室，一天可以服務1,200人。
旗艦自從成立以來，目前已經擴展到40棟建築，總面積達2百萬平方英尺，並且以全球各主要語言，每周平均服務2,700位山達基人。
旗艦也是它所屬社區的山達基中心，主辦許多不同擴展活動，幫助那些需要的人。旗艦的藝術家及音樂家常舉行公開的展覽會及音樂會，邀請本地居民參加。
旗艦服務機構是山達基宗教的聖地。雖然它專門提供山達基最高精神階層的服務，但它的服務也橫跨了整座橋。世界上每一位山達基人都嚮往來到旗艦。遲早，每個人都會去。
在山達基，有些高階的宗教靈性諮詢需要教友大約數個禮拜的期間，全天候參與，以使一個人可以完全獲致這些宗教服務在靈性上的益處。因此，教會建立宗教靜修處，遠離日常的干擾。這些地方提供進行高階宗教訓練和靈性諮詢的理想環境。雖然遠離紛擾
在所有諮詢期間都很重要，但在最高階等級時，尤為重要。
五級教會再高一級就是聖崗教會。
原先的聖崗教會位於英國薩西克斯東格林斯地，是賀伯特先生於1959年到1966年之間的住所。在聖崗時期，賀伯特先生研究出在心靈和靈魂上最重大的發現，全世界各地的高階山達基學生來這裡參加他每天的演講，他會講述他的發現。今天，這一整套的山達基經典稱為聖崗特別講解研修，是山達基裡內容最豐富的聽析員訓練，包含將近450場演講和其他書面資料。這些教會也提供某些最高階的聽析。
除了在東格林斯地的教會外，在哥本哈根、洛杉磯和雪梨也有這樣的教會。
山達基高階機構提供高階的聽析和訓練，訓練最高提供到八級，聽析最高到新OT五，東格林斯地、哥本哈根、洛杉磯和雪梨也同樣有高階機構。在東格林斯地、哥本哈根、雪梨，聖崗機構和高階機構合併為一個教會。
在高階機構，個體恢復失去的能力，他對於自身靈性本質、他與其他人、物質宇宙、第八動力，會有新的洞察力。因此，當你發現靈性的氣氛瀰漫著這些教會時，並不讓人感到驚訝。到高階機構的人，是經過認真努力的學習，才達到橋上的這個階段。開始OT各階層是重大的一步。在此，個人非常確定他自己是一個希坦，並且變得有信心可以去玩並且贏得生活的遊戲，不只是在今日而是永久的未來。
山達基教會與中心的主要活動是對教友提供牧師服務，並提供他們信仰的宗教服務 ── 也就是山達基聽析和訓練、週日禮拜、婚禮、告別式和命名禮，還有其他這類的牧師服務。
山達基教會和中心幫助個人變得更有能力自助助人。這是經由訓練和諮詢獲得的。
山達基教會遍布全球，世界各大城市都有：洛杉磯、帕薩迪納、舊金山、西雅圖、紐約、華盛頓特區、倫敦、柏林、布魯塞爾、馬德里、墨西哥和約翰尼斯堡。
所謂外圍職員，就是一些個別的山達基人，藉由提供基本的山達基書籍給有興趣的朋友、家庭成員和熟人，並且介紹其他有興趣的個人到教會。外圍職員是由離他們最近的山達基教會所指派。因為他們已從戴尼提和山達基獲得極大精神上的收穫，外圍職員很自然想要與其他人分享這些技術。
每個教會的職員數目彼此各不相同。較小的教會可能有幾十人，較大的則有上百人。
每個山達基教會是個別的法人組織，由自己的董事會來管理。高階主管和董事也組成教會的教務管理階層，並且對提供服務給教友們負有完全的責任。
國際山達基教會（CSI），是山達基宗教的母教會，其總部在洛杉磯。國際山達基教會監督全世界的山達基教會、機構和團體的教會活動，確保個別的教會依照規定執行教會職務。國際山達基教會也提供所需的整體計畫和指示，以支持教會的國際性成長。
國際賀伯特牧師聯盟（I HELP），創設的目的是為了協助在教會之外，提供宗教服務的聽析員，引導他們能成功地運作。
國際 I HELP 的總部位於加州洛杉磯。提供計畫、諮詢及指導，利用各式各樣的活動，協助外圍聽析員和 I HELP 會員的推廣。它確保其會員收到分派的新聞報訊息，也提供宣傳資料給 I HELP 洲區教會使用。國際 I HELP 也會和這些教會進行諮詢，以協助它們提供更好的服務給該地區的 I HELP會員。
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